JR동일본이 발표한 새로운 요금 체계가 큰 논란을 불러일으켰다. 특히 수도권 일부 노선의 운임이 대폭 인상되면서 이용객들의 불만이 쏟아지고 있다. 연료비 상승과 노후 시설 개선의 필요성이 인상의 배경으로 지적되고 있다.